Actualmente se encuentra conformada y en funcionamiento, por los siguientes Departamentos:

1. Departamento de Programas de Competencias Académicas y Profesionales.
2. Departamento de Educación Continua en Línea
3. Departamento de Servicios Administrativos

• Planear, organizar, coordinar y evaluar la prestación de los servicios de educación continua mediante trabajo colaborativo con Direcciones Académicas de acuerdo a la normatividad vigente, en las Incorporaciones de la Universidad de Ixtlahuaca CUI así como reglamentos propios.
• Elaborar el diseño de normas, políticas, lineamientos, procedimientos e instrumentos para la educación continua.
• Aplicar la operación y registro de los programas de educación continua, de talleres, cursos, cursos-taller y diplomados, dirigidos a estudiantes, egresados, profesionistas y sectores social, público y privado, conforme a la normatividad aplicable.
• Realizar estudios para detectar las necesidades de educación continua de la Universidad de Ixtlahuaca CUI, instancias de gobierno y sector privado.
• Promover el diseño y producción de materiales educativos multimedia para los programas educativos en sus diferentes modalidades y de educación continua que ofrece la Universidad de Ixtlahuaca CUI.
• Integración a redes académicas nacionales o internacionales para fortalecer los programas de educación continua a distancia y en línea de la Universidad de Ixtlahuaca CUI.
• Proponer el uso eficiente y la modernización de la infraestructura requerida para la operación de la educación continua en sus modalidades a distancia y en línea.